Der Name Rostock kommt aus dem altpolabischen Roztok, und bedeutet, der Fluss der sich hier gabelt oder auseinander fließt.
1161 wird die Stadt erstmals erwähnt, als die Dänen sie komplett zerstörten. In den folgenden Jahren erfolgte der Wiederaufbau und um 1200 ließen sich Kaufleute und Handwerker in ihr nieder. Nun wurde Rostock schnell zum Mittelpunkt Mecklenburgs. 1218 bekommt sie das Lübische Stadtrecht. 1251 erhielt Rostock Handelsprivilegien vom dänischen König verliehen. 1325 bekam sie das Münzrecht und konnte damit die Mark Rostocker Pfennige prägen, ihre eigene Münze. So kam Rostock eine wichtige Rolle in der Hanse zu, zudem es noch über einer der wichtigsten Häfen verfügte. 1419 wurde eine der ältesten Universitäten Norddeutschlands mit der Universität Rostock gegründet. Leider untersagte Papst Martin V. die Gründung einer theologischen Universität.

1484 erklärte Papst Innozenz VIII. die Jakobikirche zum Domstift, was die Rostocker empörte. Dies führte zu einer Domfehde, die bis 1491 andauerte. Als Folge wurde die Stadt 1487 mit dem Kirchenbann belegt und die Universität musste aus der Stadt hinaus und durfte erst 1488 wieder zurückkehren.

1520 kamen die Lehren Martin Luthers in die Stadt und die Reformation wurde schnell durchgesetzt.

1565 kam es zu schwerwiegenden Differenzen mit Schwerin, unter anderem ausgelöst durch die Forderung einer Bierakzise. Diese sollten den Fürsten zugute kommen. Als Rostock Johann Albrecht I. den formalen Huldigungseid verweigerte, zog dieser gegen die Stadt und ließ die Stadtmauer hinunter schleifen um eine Festung zu bauen. Die Konflikte konnten erst 1573 durch den ersten Rostocker Erbvertrag beendet werden, in denen die Rechte an der Stadt den Landesfürsten über Jahrhunderte hinweg garantiert wurden.So konnte man 1575 die Stadtmauer und das Steintor im Stil der Niederländischen Renaissance wieder aufbauen. 1584 gab es einen zweiten Rostocker Erbvertrag, der wieder einige Privilegien einbüßen ließ. Doch gleichzeitig hatte man die Hoffnung endlich die Reichsunmittelbarkeit zu bekommen.

Der Dreißigjährige Krieg (1618-1648) brachte für Rostock eine schwere Zeit der Besetzungen und Plünderungen. Auch der ständige Streit mit Schweden, die die Stadt kurzzeitig besetzten, ließ die Stadt immer ärmer werden. Bei einem Brand 1677 wurde fast ein Drittel der Stadt zerstört. Auch dies führte dazu, dass die Stadt ins wirtschaftliche Aus geriet.

Erst mit dem Ende des 18.Jahrhunderts ging es wieder aufwärts. Im 19. Jahrhundert kam die Stadt durch die einsetzende Industrialisierung wieder zu neuer Blüte. So entstanden Villenviertel und auch Arbeiterviertel. Viele dieser Bauwerke sind noch heute da. Auch die Bevölkerungszahlen stiegen wieder, da auch die Wirtschaft blühte. So entstand 1891 die Neptun Schiffswerft und Maschinenfabrik AG, der erste Großbetrieb in Mecklenburg.

Nach dem ersten Weltkrieg wurde die Industrialisierung weiter vorangetrieben. So gründete man 1922 die Flugzeugwerke von Ernst Heinkel. Auch das weltweit erste Flugzeug mit Düsenantrieb hatte in Rostock 1939 ihren Jungfernflug.

Als sich der zweite Weltkrieg ankündigte wurde in Rostock aufgerüstet, da es eine Industriestadt war. Rostock wurde zu einem Schwerpunkt der Rüstungsindustrie des Deutschen Reiches. Die Folge war, dass es 1942 unter den Beschuss der Alliierten geriet. So wurde ein Großteil der historischen Gebäude Rostocks völlig zerstört, damit wurde die Stadt zu einer der Städte die am schwersten zerstört wurden.
Kurz vor Ende des Zweiten Weltkrieges wurde Rostock ohne Gegenwehr von der Roten Armee eingenommen. Man baute die Neptunwerft wieder auf, die nun für Reparationszahlungen produzierte. 1952 wurde aus Rostock eine Bezirksstadt. Auch die Industrie wurde wieder stärker. So baute man ein Dieselmotorenwerk, ein Fischkombinat und die Deutsche Seereederei Deutschland. Auch der Deutsche Überseehafen entstand bis 1960. Dieser Aufschwung führte dazu, dass immer mehr Menschen nach Rostock strömten um hier zu leben und zu arbeiten. Nach der Wiedervereinigung erlebte die Stadt jedoch wieder einen starken Bevölkerungsrückgang. Ab 1991 wurde der gesamte Stadtkern aufwändig saniert.